Windows（32X & 64X）系统下的本地BLAST安装方法

Windows（32X）系统下单机版BLAST安装方法

1．下载安装文件：

以blast-2.2.23-ia32-win32.exe为例，将此安装文件放至指定目录，以G:\blast-\为例，如图所示：

2．运行安装程序：

双击上述安装文件，单击运行：

程序会自动在blast-文件夹下生成3个文件夹：\bin\、\data\和\doc\：

3.添加配置文件：

在桌面（任意可以新建文件的地方）新建一个.txt文件，然后将其重命名为NCBI.ini，在提示更改后缀名的对话框中点是。打开NCBI.ini，在其中写入如下两行内容：

[NCBI]
Data="path\data\"
上边的path是你的blast安装路径，在本例中为G:\blast-，因此，NCBI.ini中的内容为：
[NCBI]
Data="G:\blast-\data\"
写完后保存，然后将该文件复制至C:\Windows目录下：

至此，本地blast-2.2.23-ia32-win32安装完毕。

4.导入数据库：

从ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/上，可下载各类数据库文件，下载完毕后，将其解压至G:\blast-\data\目录下。

注意事项：

1.NCBI.ini中的路径为blast所在安装路径；

2.此安装办法适用于指定版本，对于blast+版本不适用，若想安装新版本，可自行到网站查阅安装办法；

附：运行示例：

1.打开cmd命令行；

2.通过cd命令到达安装目录的bin\目录下

3.通过dir命令查看全部可执行的子程序：

4.使用blastall.exe进行比对

输入blastall.exe -d refseq_rna.01 -i G:\blast-\data\test_query.fa -p blastn 该命令各部分的含义为：

1. blastall.exe：blast主程序；
2. -d refseq_rna.01：选择refseq_rna.01为被搜索的数据库，其数据已存至G:\blast-\data\下；
3. -i G:\blast-\data\test_query.fa: 选择test_query.fa为查找序列文件，注意，查找文件应输入其绝对路径，但数据库文件不用。
4. -p blastn：选择blastn为匹配方法，blastn为核酸-核酸匹配，想获取其他程序信息，可直接输入blastall.exe命令查看帮助信息。

程序部分运行结果为：

上述截图仅为一部分。

5.输入blastall.exe命令查看帮助信息：

Windows（64X）系统下单机版BLAST安装方法

1.blast的下载与安装

1. 程序下载：访问blast本地软件包链接 blast_latest 下载适合自己系统的blast版本，这里我选择 ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe。
2. 安装流程：下载完毕后，双击安装到C:\Blast，生成bin和doc两个子目录，其中bin是程序目录， doc是文档目录，这样就安装完成。
3. 用户环境变量设置：右键点击“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”，在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：C:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：C:\Blast\bin。
4. 查看程序版本信息:点击window的"开始"菜单，在运行中输入cmd，调出MS-DOS命令行，转到blast安装目录，输入命令“ blastn -version"即可查看版本。

2.blast本地数据库的构建

1.数据的获取

• 直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta,名字可以自己随便命名）。
• 从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库（其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/）其中nr.gz为非冗余的数据库,nt.gz为核酸数据库,month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。
• 利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。

上述三种方法各有优缺点：前两种下载速度较快，但是检索前都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。

2.数据的格式化

以xk001.fasta作为查询序列，以nr.fasta作为数据库文件为例。首先将nr.fasta放到C:\Blast\db文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到C:\Blast\db文件夹下运行格式化命令。

格式化nr.fasta命令：

C:\Blast\db>makeblastdb -in nr -dbtype prot -title "nr" -out NR
Building a new DB, current time: 08/28/2013 08:59:17
New DB name:   T
New DB title:  nr
Sequence type: Protein
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 32044604 sequences in 3134.69 seconds.

因此，本地数据库已经建立完毕。

3.blast的使用方法

以xk001.fasta作为查询序列，以nr.fasta作为数据库文件为例。

blsat运行命令：

C:\Blast>blastx.exe -db NR -query xk001.fasta –out xk001.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt 11

注：将核酸序列比对到蛋白库需要用blastx,outfmt的格式选择11，11为ans.格式，此格式可以转化为其他格式文件。其他参数可以通过-h选择。

如果一切运行良好的话，待运行完毕，你将在blast文件下看到一个xk001.out的结果。