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如何阅读质粒图谱
第一步，查看质粒图谱上的箭头标识：
多数质粒图谱上都会有箭头标识：一种是转录方向，转录方向主要是由启动子开始的一个大箭头，是启动子启动序列的顺序。另一种是复制起始位点的方向，复制起始位点就是该质粒在大肠杆菌等细菌或真菌中DNA复制的一个方向。了解转录的方向，这样就方便设计插入片段的位置和方向性。 质粒图谱上有的箭头顺时针有的箭头逆时针，是指两条DNA链，即质粒是环状双链DNA，它的启动子等在其中一条链上，而它的抗性基因在另一条链上 .根据表达宿主不同，构建时所选择的载体也会不同。
第二步，看质粒图谱上的标签：
- Ori：DNA 复制起始位点，原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
- P：启动子，这个质粒上用的是一个CMV启动子，来启动后面的表达蛋白。常见的启动子有：CMV、EF1，H1、U6等。
- R：抗生素抗性基因，最常见的是：Amp（氨苄青霉素）、Kan（卡那霉素）、Tet（四环素，tet on/tet of）、Cmr（氯霉素）、SM（链霉素）、Hyg（潮霉素）。
- pA：即转录终止位点poly A，可以起到稳定mRNA作用。
- 报告基因：常见的有copGFP（绿色荧光蛋白），Puro（嘌呤霉素），Lacz（乳糖操纵子）等等。和抗性基因不同，这样的报告基因，并不是为了在大肠杆菌扩增质粒的过程中起作用的。而是在质粒转入表达体系后起到作用的，基本上就是为了显示过表达或是敲减的基因是否正常运作。有的报告基因会融合在蛋白中表达，有的会另外用一个独立的启动子进行表达（比如shRNA的质粒中）。
- 其他：包括一些调控元件和目的蛋白。
第三步，看质粒图谱的多克隆位点（MCS）：
MCS（Multiple Cloning Site），一般图中会把多克隆位点上的酶切位点都标记出来。上面的酶切位点顺序，一般都是按照5`-3`的顺序排列下来的，需要注意的是这样几点。
第一，有些酶切位点边标注了*的一般是指并不仅仅存在一个位点，也就不能用来作为构建质粒的酶切位点。
第二，有的酶切位点，在序列中只有一个，但也标注了一个*或者（dam），这说明可能这个酶切位点会有CpG岛的甲基化修饰，一般也是不能用的。但是非要用这个酶切位点的话，就需要用非甲基化的感受态细胞，如JM109或者JM110。
第四步：外源DNA插入片段大小
质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件
即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。
启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号
- 启动子－促进 DNA 转录的 DNA 序列，这个 DNA 区域常在基因或操纵子编码序列的上游，是 DNA 分子上可以与 RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。
- 增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。
- 核糖体结合位点/起始密码/SD 序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA 有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是 AUG（起始密码）和 SD 序列。
- 转录终止序列（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA的保守序列，此位点 down－stream 有一段 GT 或 T 富丰区，这2部分共同构成 poly（A）加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列，此位点 down－stream 有一段GT 或 T 富丰区，这2部分共同构成 poly（A）加尾信号。
